배열은 apt[10][5]로 선언하였는데 

질문자님의 for문에서는 i=1부터 시작해서 i <=10 조건으로 루프를 돌기때문에

배열이 맞지 않아서 오류가 발생합니다.

예를 들어 apt[10]은 apt[0]부터 apt[9]까지 채울 수 있는데

i가 1부터 시작하게 되면 apt[1]부터 apt[10]까지 채우는 시도를 하기 때문에 배열 할당이 맞지 않게 됩니다.

따라서 i와 j를 1이 아니라 0에서 부터 시작하고 "<=" 조건을 "<" 조건으로 수정해주어야 합니다.

그리고 배열에 들어갈 값을 계산할 변수는 i, j 말고 별도의 변수를 선언하여 사용합니다.

아래 수정한 코드를 참고하시기 바랍니다.

#define CRT_SECURE_NO_WARNINGS
#include <stdio.h>
#include <stdlib.h>

int main(void) {
	int apt[10][5];
	int empty = 0;
	int i, j;
	int x, y; // 계산을 위한 변수 x, y 선언

    // 배열을 위한 for문은 반드시 0부터 시작해야 함
	for (i = 0; i < 10; i++) {
		for (j = 0; j < 5; j++) {
		    x = i;
		    y = j;
		    // 0으로 나누면 컴파일 오류가 나기때문에 if문으로 체크
		    if(x==0 || y==0) {
		        apt[i][j] = 0; 
		    } else {
		        apt[i][j] = x % y;
		    }
			
			if (apt[i][j] == 0) {
				empty++;
			}
		}
	}
	printf("%d\n", empty);

    // 배열 for문은 0부터 시작
	for (i = 0; i < 10; i++) {
		for (j = 0; j < 5; j++) {
			printf("%d\t", apt[i][j]);
		}
		printf("\n");
	}
}